Строки

set file_log4j=log4j.xml

set find1=/logs/%service%.log
set find1=%find1:/=\/%


set replace1=/logs%copy_number%/%service%.log

set replace1=%replace1:/=\/%

"C:\Program Files (x86)\GnuWin32\bin\sed" -e "s/%find1%/%replace1%/g" < %file_log4j% > TMP1.TXT

move TMP1.TXT %file_log4j%

______________________________________
Пример с двойной кавычкой (их нужно удваивать, оказывается, а не обратным слешем экранировать)
touch sun_loockup_tables.tmp 
sed.exe -re "s/CREATE TABLE ""lookup_/___/g" < all_tables.log > sun_loockup_tables.tmp

copy nul tmp.txt 
setlocal EnableDelayedExpansion 
for /F "delims=" %%s in (1.txt) do ( 
set str=%%s 
set str=!str:6=2! 
set str=!str:0=l! 
set str=!str:8=#! 
set str=!str:9=r! 
echo !str!>>tmp.txt 
) 
move tmp.txt 1.txt
минус верхнего варианта - оставляет два пробела поле строки, но зато многозаменный

set file_install_prunsrv=..\..\%service%%copy_number%\%service%\install_prunsrv.cmd

 @echo off
 setlocal enabledelayedexpansion
 set COUNT=0
 for /F "tokens=* delims=," %%n in (!file_install_prunsrv!) do ( 
 set LINE=%%n
 set TMPR=!LINE:%service_id%=%service_id%%copy_number%!
 Echo !TMPR!>>TMP.TXT
 
 )

 move TMP.TXT %file_install_prunsrv%